Sihtasutuse tegevust kavandab nõukogu. Nõukogu korraldab ka Sihtasutuse juhtimist ja teostab järelevalvet selle tegevuse üle. Nõukogu koosseisu kuulub kuni 13 liiget, kes määratakse asutaja poolt kolmeks aastaks.

Nõukogu koosseisus muudatuste tegemise ning nõukogu liikmete tagasikutsumise otsustab asutaja. Nõukogu nõusolek on juhatusele vajalik tehingute tegemiseks, mis väljuvad igapäevase majandustegevuse raamidest. Oma ülesannete täitmiseks on nõukogul õigus tutvuda kõigi Sihtasutuse dokumentidega ning kontrollida raamatupidamise õigsust, varade olemasolu, samuti Sihtasutuse tegevuse vastavust seadusele ja põhikirjale.

Integratsiooni ja Migratsiooni Sihtasutuse Meie Inimesed nõukogu koosseis:

Marlen Piskunov (esimees) - Kultuuriministeeriumi asekantsler
Mart Nutt (aseesimees) - Riigikogu liige
Paul-Eerik Rummo - Riigikogu liige
Eldar Efendijiev - Riigikogu liige
Deniss Boroditš - Riigikogu liige
Kaie Koskaru - Rahandusministeeriumi Riigieelarve osakonna osakonnajuhataja kohusetäitja