Mitmekultuurilise hariduse üksus on sihtasutuse üksustest noorim - see moodustati 30. detsembril 2008 keelekümbluskeskuse ja haridusprogrammide keskuse baasil.

Enamuses on mitmekultuurilise hariduse üksuse tegevused suunatud venekeelsete koolide ja lasteaedade eesti keele õppe edendamisele. Seal juures ei jää tähelepanuta ka nende koolide õpetajad ja juhid, kellele üksuse töötajad viivad läbi erinevaid koolitusi. Nii on edasi antud teadmisi lõimitud aine ja keele õppest, õppeprogrammide koostamisest, teisest keele- ja kultuuriruumist pärit õpilastega töötamiseks jne. 2009. aastal algas üksuse eestvedamisel eesti keelest erineva õppekeelega koolide õpetajate individuaalne eesti keele õpe mentorite toel.

Kui teised sihtasutuse üksused tegelevad lõimumistegevustega eelkõige konkursite ja hangete korraldamise läbi, siis mitmekultuurilise hariduse üksus viib enamuse oma valdkonna tegevustest ise ellu. Seetõttu võib selle üksuse töötajaid kohata sageli pigem klassiruumis kui kontorilaua taga.